Dalam sejarah Islam, mulanya berkembang pemikiran rasional (650-1250 M), lalu kemudian pemikiran tradisional (1250-1800 M). Pemikiran rasional dipengaruhi oleh persepsi tentang bagaimana tingginya kedudukan akal seperti terdapat dalam Al-Qur’an dan hadist. Pertemuan Islam dan peradaban Yunani melahirkan pemikiran rasional dikalangan ulama Islam Zaman Klasik. Perbedaannya di Yunani karena tidak mengenal agama samawi maka pemikiran bebas, tanpa terikat ajaran agama dikenal dengan pemikiran rasional sekular. Akan tetapi pada masa Islam klasik pemikiran rasional ulama terikat pada ajaran-ajaran agama Islam yang terdapat pada Al-Qur’an dan Hadist oleh karena itu disebut juga pemikiran rasional agamis.

Dalam pemikiran rasional agamis, akal manusia mempunyai kedudukan tinggi dalam memahami ajaran Al-Qur’an dan hadist. Kebebasan akal tersebut hanya terikat pada ajaran-ajaran absolut kedua sumber utama Islam itu yang disebut dengan qat’iy al-wurud dan qath’iy al-dalalah. Maksudnya ayat al-qur’an harus ditangkap sesuai dengan pendapat akal.

Pemikiran rasional agamis dalam dalam pendekatannya terhadap Islam diusahakan sesuai dengan pendapat akal dengan sarat tidak bertentangan dengan ajaran absolut tersebut (Qur’an dan hadist). Berbeda dengan pemikiran tradisional, peran akal tidak begitu menentukan dalam memahami ajaran Al-Qur’an dan hadist tetapi juga pada ajaran hasil ijtihad ulama zaman klasik yang jumlahnya mat banyak. Menurut Harun perbedaan pemikiran rasional adalah kebebasan berfikir dalam memahami ajaran Terikat pada arti lafzhi dari teks Al-Qur’an dan hadist dengan akal sebagai posisi tertinggi, sedangkan pemikiran tradisional pemikiran yang terikat pada ijtihad ulama zaman klasik yang jumlahnya sangat banyak, pemikiran yang terikat pada arti lafzhi dari teks Al-Qur’an dan hadist sehingga sulit menyesuaikan dengan perkembangan modern.

Pemakaian akal dalam Islam diperintahkan oleh wahyu sendiri, hal itu terbukti dari banyaknya kata-kata yang dipakai dalam al-qur’an untuk menggambarkan perbuatan berfikir, bukan hanya ‘aqala tetapi juga nazara, tadabbara, tafakkara, faqiha, tazakkaram fahima, oleh karena itu tidak heran bahwa agama Islam adalah agama rasional.

Dari pada itu perlu ditegaskan bahwa pemakaian kata-kata rasional, rasionalisme dan rasionalis dalam Islam harus dilepaskan dalat arti kata sebenarnya, yaitu percaya kepada rasio semata-mata dan tidak mengindahkan wahyu, atau membuat akal lebih tinggi dari wahyu, sehingga wahyu dapapt dibatalkan oleh akal, akan tetapi akal tidak pernah membatalkan wahyu. Akal tetap tunduk kepada teks wahyu. Teks wahyu tetap dianggap mutlak benar. Akal dipakai hanya untuk memahami teks wahyu dan sekali-kali tidak untuk menentang wahyu. Akal hanya memberi interpretasi terhadap teks wahyu sesuai dengan kecenderungan dan kesanggupan pemberi interpretasi.