Kebijakan yang ditetapkan pemerintah tentang pendidikan Islam dapat dilihat dalam sejarah perundang-undangan sistem pendidikan nasional. Pada masa pemerintahan Indonesia yang sudah berlangsung dalam tiga masa, yaitu: orde lama, orde baru, dan orde reformasi. Indonesia memiliki tiga undangundang yang mengatur sistem pendidikan nasional, yaitu: UU RI No. 4 Tahun 1950 Jo UU RI No. 12 Tahun 1954 pada masa orde lama; UU RI No. 2 Tahun 1989 pada masa orde baru, dan UU RI No. 20 Tahun 2003 pada masa orde reformasi.