Fenomena agama dan sains yang tidak bisa disatukan masih menjadi persoalan pelik yang tak ada ujungnya. Terlebih pada ilmu-ilmu modern-khususnya ilmu-ilmu kealaman (natural scciences)- yang dianggap sebagai pemicu lahirnya krisis teologi dan berakibat pada paham sekuler dan positivisme. Paham ini muncul karena sains modern menganut paham rasionalisme serta empirisme filosofis dan tidak dapat diterapkan dalam keilmuan Islam karena ia menolak keberadaan Tuhan. Dan lagi, islamisasi lmu pengetahuan menjadi salah satu jalan keluar dan menjadi paradigma di beberapa Universitas Islam di Indonesia beberapa tahun terakhir. Selain itu, islamisasi ilmu pengetahuan ini pun dijadikan sebagai respon terhadap ilmu pengetahuan Barat yang menurut Al-Attas-tokoh yang dijadikan objek penelitian dalam buku ini-mengandung paham sekular.
Implikasi yang terjadi jika paham sekuler terus diyakini umat Islam adalah ketidakmampuan memahami alam sebagai lambang (ayat) untuk menuju realitas yang hakiki,yaitu Allah SWT. Di sisi lain,Al-Attas mengamini persamaan metodologi yang dipakai dalam sains Barat dan Islam, namun persamaan ini hanya terletak pada aspek luarnya saja dan tidak di dalamnya. Aspek dalam yang dimaksud yakni metafisika atau pengetahuan tentang realitas secara keseluruhan, termasuk realitas non fisik yang diakui kebenarannya. Al-Attas menghubungkan metafisika dan dunia fisik-materi sebagai basis keilmuan dari teori islamisasi ilmu pengetahuannya.