Ayah Gus Dur, KH Wahid Hasyim, adalah putra pendiri organisasi terbesar Nahdlatul Ulama (NU), KH Hasyim Asy`ari. Sedangkan ibunya adalah putri pendiri Pesantren Denanyar Jombang, KH Bisri Syamsuri.

Gus Dur menikah dengan Sinta Nuriyah dan dikaruniai empat putri yaitu Alissa Qotrunnada Munawaroh, Zannuba Arifah Chafsoh (Yenni), Annita Hayatunnufus, dan Inayah Wulandari.

Sebagaimana dikutip dari situs resmi Perpustakaan Nasional Republik Indonesia, sejak masa kanak-kanak, Gus Dur mempunyai kegemaran membaca dan rajin memanfaatkan perpustakaan pribadi ayahnya. Selain itu, Gus Dur juga aktif berkunjung ke perpustakaan umum di Jakarta. Pada usia belasan tahun Gus Dur telah akrab dengan berbagai majalah, surat kabar, novel dan buku-buku.

Di samping membaca, Gus Dur dikenal hobi bermain bola, catur dan musik. Bahkan Gus Dur, pernah diminta untuk menjadi komentator sepak bola di televisi. Kegemaran lainnya, yang ikut juga melengkapi hobinya adalah menonton bioskop. Kegemarannya itu mendapat apresiasi yang mendalam di dunia perfilman sehingga pada 1986-1987 diangkat sebagai ketua juri Festival Film Indonesia.